「NS相違」の表示は、ドメイン設定をしたドメインのネームサーバーが、エックスサーバー所定のネームサーバーとは異なる場合に表示されます。
サーバー移転などで、他社ネームサーバーを参照している場合は「NS相違」と表示されますが、該当ドメインのネームサーバーをエックスサーバー指定のものに変更すれば、「NS相違」の表示は消えます。
※ネームサーバーを他社サーバーのものでご用する場合は、「NS相違」と表示された状態で問題ありません。
参考:ネームサーバーについて
エックスサーバー公式サイト:サーバーパネルにドメイン設定をしましたが、「NS相違」と表示されています。